La phase 2 du projet étudie 2280 protéines humaines dont on ne connaît pas bien le rôle dans les myopathies. Toutes ces protéines seront testées deux à deux en trois dimensions. Pour chaque paire, une protéine sera figée et la seconde sera testée sous différentes configurations spatiales.

Depuis le lancement du projet (le 4 mai 2009) et jusqu'au 18 juin, 137.652.178.995 configurations spatiales ont été calculées. En un mois, les bénévoles ont déjà abattu une quantité de travail 13 fois plus importante qu'au cours de l'ensemble de la première phase du projet (6 mois de calcul, entre le 20 décembre 2006 et 20 juin 2007). La première phase de calcul s'était concentrée sur 168 protéines.

Ces bons résultats s'expliquent par une puissance de calcul beaucoup plus importante que lors de la première phase du projet (les ordinateurs ont évolué et il y a plus de participants) et par le nouveau code de l'application qui est beaucoup plus performant qu'auparavant.

Le 18 juin, les scientifiques du projet ont reçu une partie des résultats pour les groupes d'unités "0001" et "0002". Ces résultats réprésentent 0,09% de toutes les configurations spatiales qu'il faudra calculer sur le projet (les 2.466.753 paires de protéines sont réparties en 2.467 groupes, chaque groupe contient 1.000 paires). Les scientifiques ont reçu les résultats de 275.335 unités de calcul. 120.144.832 configurations spatiales sur un total de 137.652.178.995, soit 0,09 % du travail.

Sources :
www.boinc-af.org/content

Alessandra Carbone nous laisse un message depuis le forum WCG :

Bienvenue dans la seconde phase du projet Lutte contre les Dystrophies Musculaires (HCMD2).
Afin de comprendre comment les protéines remplissent leur fonction biologique dans les cellules, il est nécessaire de mieux comprendre en détail les modes d'interactions entre protéines dans le but d'aider les chercheurs à développer de nouvelles stratégies thérapeutiques.
HCMD2 va analyser une large base de données de protéines humaines et passer celles-ci au crible afin de chercher parmi elles des partenaires protéiques potentiels in vivo. Une partie des 2200 structures protéiques que votre ordinateur va contribuer à analyser concerne des molécules impliquées dans les dystrophies musculaires, une autre partie des ces protéines joue un role important dans divers tissus ou organes comme le coeur ou le cerveau. La première phase du projet nous a permis de développer et tester une méthode qui permet de discriminer les partenaires protéiques des paires de protéines qui n'interragissent pas ensemble (à partir d'un ensemble dont les interactions expérimentales sont connues). La seconde phase va appliquer cette méthode numérique à des protéines dont on ignore les interactions afin de découvrir de nouveaux partenaires potentiels. Chaque unité de calcul résolue durant la phase 2 nous apportera des informations sur le mode d'interaction de deux protéines parmi les 2200 étudiées.
Votre contribution à ce projet apportera des informations importantes aux biologistes et aux physiciens, et à terme bénéficiera à tous les chercheurs qui travaillent sur des maladies génétiques et en particulier les maladies neuromusculaires. Au final nous espérons contribuer au développement de thérapies innovantes qui aboutiront à un traitement de la grande majorité des maladies neuromusculaires, y compris les dystrophies musculaires.
Beaucoup d'entre vous ont déja résolu des unités de calcul lors de la première phase du projet, qui a été un succès et nous a beaucoup appris. Une grande partie de ce succès revient naturellement aux participants de la phase 1. Avec le démarrage de la phase 2, nous souhaiterions remercier tous les gens qui apportent leur contribution à HCMD2 en donnant du temps de calcul au projet et à World Community Grid.

Ce pojet est soutenu par le programme Decrypthon (un partenariait AFM/IBM/CNRS) et l'Université Pierre et Marie Curie.

Sources :
www.worldcommunitygrid.org/forums

Mission
La mission de Influenza Antiviral Drug Search project est de trouver de nouveaux médicaments qui peuvent arrêter la propagation d'une infection de grippe dans l'organisme.
La recherche sera spécifiquement axée sur les souches de grippe qui sont devenues résistantes aux médicaments ainsi que sur les nouvelles souches qui apparaissent.

Identifier les composés chimiques est la meilleure solution pour accélérer les efforts visant à développer les traitements qui pourraient être utiles dans la gestion des épidémies de grippe saisonnière, de futures épidémies de grippe, voire même de futures pandémies.

Les risques
Des centaines de milliers de personnes dans le monde meurent chaque année des suites d’une infection grippale. Si une nouvelle souche émergente se révélait être particulièrement virulente et hautement contagieuse, une pandémie pourrait tuer des millions de personnes.

Le virus de la grippe mute rapidement et, par conséquent, de nouvelles variétés de la grippe apparaissent chaque année. Les vaccins contre la grippe sont conçus pour anticiper le traitement des souches susceptibles d'être répandues pour la prochaine saison de la grippe, mais peuvent se révéler inefficaces contre de nouvelles souches émergentes

Bien que les médicaments tels que l'oseltamivir (nom commercial Tamiflu) et le zanamivir (nom commercial Relenza) sont efficaces contre la grippe, ils ne préservent pas contre toutes les formes de grippe notamment contre celles qui évoluent et deviennes résistantes à ces médicaments


Lorsqu’apparaissent des souches résistantes aux médicaments, les industries pharmaceutiques conçoivent de nouveaux vaccins mais ils ne sont pas en mesure de réagir assez rapidement pour prévenir une flambée de la maladie

Ce projet de recherche de nouveaux médicaments qui permettent de stopper la propagation du virus de la grippe au sein de l'organisme, pourra aider les patients qui ne sont pas résistant à une forme particulière de la grippe. La découverte d’antiviraux à large spectre combiné à des antiviraux spécifiques devrait sensiblement améliorer la santé mondiale.

Approche
Une approche prometteuse pour lutter contre ces virus et de les empêcher de déclencher une maladie est de développer de nouveaux médicaments qui inhibent la neuraminidase (N1, N2, etc), NS1 protéines, l'hémagglutinine, avec éventuellement d'autres objectifs que celui d’empêcher la grippe de se propager dans l'organisme.

En utilisant la structure chimique connue de ces molécules cibles, le projet permettra de réaliser des expériences virtuelles de chimie et de déterminer parmi des millions de composés connus lesquels s’attacheront à ces molécules cibles pour les désactiver ou les inhiber, afin d’empêcher la propagation du virus de la grippe  dans le corps.


Ces expériences sont effectuées en utilisant un programme appelé AutoDock, du Scripps Research Institute. Ce logiciel est utilisé pour plusieurs autres projets sur la World Community Grid. Il s'agit notamment de FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, Help Fight Childhood Cancer.

Une fois que les candidats médicaments seront identifiés avec l’aide du World Community Grid, il faudra procéder à des travaux annexes de laboratoires, à des essais et, finalement à des essais cliniques. Cela risque de ne pas aboutir suffisamment tôt pour disposer d’un traitement applicable au virus H1N1 responsable de la flambée de grippe actuelle.

Ceci étant, les virus de la grippe saisonnière qui sont la cause d’épidémies récurrentes, peuvent évoluer vers des souches dangereuses.

Aussi, en participant dès maintenant à ce projet vous contribuez à améliorer nos chances d'être prêt à affronter les graves épidémies qui pourraient arrivées.

Sources :
www.worldcommunitygrid.org/forums

Nous sommes maintenant prêts pour tester la version 6.15 de notre application scientifique. Cette nouvelle version fixe les problèmes que nous avons découvert avec les versions 6.12/6.13, et quelques améliorations dans l'application qui lit les fichiers d'entrées (parseur XML).

En conséquence de ces améliorations, nous devons migrer notre système Linux vers une nouvelle distribution. Il est recommandé de compiler une application BOINC sur un système avec une ancienne distribution pour prévenir les problèmes d'incompatibilités entre les librairies, mais continuer à développer l'application sur le système Linux suggérée par l'équipe des projets BOINC est impossible. Nous utilisons donc maintenant la version la plus vieille d'Ubuntu qui est encore supportée (6.06 LTS (long time support : support à long terme), et nous espérons que cela ne causera pas de problèmes pour nos utilisateurs Linux.

Nick
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Nicolas Maire
Swiss Tropical Institute

Sources :
www.malariacontrol.net/forum_thread.php?id=858

En résumé

Le projet de HCC passe une étape ce mois: 25% de nos unités de travail ont été traités sur le WCG – représentant 3 millions de test de cristallisation sur plus de 2.000 protéines. L'analyse de ces résultats est réalisée sur des fronts multiples.

Nos derniers classements de cristaux trouvés, produits à partir des résultats de HCC, permet d'identifier 4/5ieme des images contenant des cristaux de protéines, ce qui réduit grandement l'effort de recherche manuelle à partir des images de cristaux, et ainsi accroît le taux de réussite de structures de protéines.

Avec l'utilisation de cette classification sur une série de 5.7 millions d'images, nous avons récemment identifié 11 protéines aux conditions favorables de cristallisation, qui sont toutes des homologues de protéines humaines de notre liste de cible de cancer (qui s'étend du cancer du poumon, des ovaires, de la prostate, de la tête et du cou)

Une fois cristallisées, nous sommes capable de caractériser les fonctions de ces cibles de cancer.

Sources :
www.cs.utoronto.ca/~juris